Die K.D.St.V. Burgundia München wurde am 8. Juni 1899 von Mitgliedern der Verbindungen Gothia Würzburg und Ripuaria Bonn aus der Taufe gehoben und als selbstständige Verbindung beim Rektor der Universität München angemeldet. Obwohl sie damals noch keinem Dachverband angehörte, war sie von Anfang an als katholische Verbindung konzipiert, was auch jede Form des studentischen Zweikampfes in der Burgundia verbietet.

Die Farben moosgrün, gold und rosa zieren seither das Wappen der Burgundia und erinnern an die Weinreben der Region Burgund, die für den Namen der Verbindung Pate stand.

Bedingt durch einen frühen Mitgliederverlust löste sich Burgundia nach den Anfangsjahren bereits im Wintersemester 1904/05  wieder auf. Doch bald folgte ein Neuanfang: Im Sommersemester 1907 begründeten Mitglieder der beiden großen Münchner CV-Verbindungen Aenania und Rheno-Franconia unsere Burgundia zum zweiten Mal und verhalfen ihr zur Aufnahme in den Cartellverband der Katholischen Deutschen Studentenverbindungen (CV), dem wir bis heute angehören.

Die Zeit nach dieser Wiederbegründung bescherte Burgundia ein gedeihliches Wachstum, so wurde z. B. 1928 ein eigenes Verbindungshaus in der Kunigundenstraße gekauft. Bald jedoch hielt die Umstrukturierung der Gesellschaft durch die nationalsozialistische Gewaltherrschaft auch in die Welt der Studentenverbindungen Einzug; bedingt durch den Druck, sich dem NS-Studentenbund anzuschließen, löste sich Burgundia im Frühjahr 1936 selbst auf. Das alte Band der Treue unter den Mitgliedern riss dennoch nicht ab, so dass es nach dem Zweiten Weltkrieg im Jahr 1949 zu einer Wiederbegründung an der damals noch jungen Universität Mainz kam.

Bereits sieben Jahre später, als die Verbindung wieder zu Kräften gekommen war und über eine für die damalige Nachkriegszeit erstaunlich große Zahl von Mitgliedern verfügte, entschied man sich für einen erneuten Umzug – zurück in die Gründungsstadt München, wo man sich zunächst eher provisorisch im Hinterzimmer einer Gaststätte regelmäßig traf. 1969 konnte schließlich ein gemütliches Verbindungsheim im schönen Schwabing bezogen werden. Bis heute ist die großzügige Altbauetagenwohnung in der Elisabethstraße das Zentrum unseres Verbindungslebens, wo wir zu Diskussionen, Vorträgen, Feierlichkeiten oder einfach zum Zeitvertreib zusammenkommen.

In der Folgezeit war unsere Burgundia von einem ständigen Auf und Ab geprägt: die sozialen Umbrüche der 1960er und 70er Jahre brachten die ohnehin schon immer eher kleine Verbindung in arge Nachwuchssorgen. Doch mit großem Engagement der damaligen Aktiven gelang es, das Verbindungsleben den damaligen gesellschaftlichen Trends anzupassen und für junge Studenten attraktiv zu bleiben. Im Lauf der Jahre wurde Burgundia von anderen Ortsansässigen bald für inaktiv gehalten, bald wieder gern und häufig besucht. Nach erneuten mageren Jahren Anfang des Millenums gedeiht unsere Burgundia durch den Eintritt mehrerer vielversprechende Fuchsenjahrgänge seit dem Jahr 2006 wieder prächtig. Heute kann sie mit Freude neun engagierte Aktive Mitglieder in München, mehrere temporär inaktive Studenten aus anderen Hochschulstädten sowie 150 Alte Herren vorweisen.